Ve středověku papež často dával zvláštní křížovou vlajku králi nebo jinému vládci podnikajícímu nějakou vojenskou kampaň ve jménu křesťanství. Jiní vládci si vybrali stejný křížový symbol, aby prohlásili svou víru a víru, že jejich podnik byl svatý. Známá a nápadná vlajka Švýcarska je konečně založena na císařské válečné vlajce Svaté říše římské, která na červeném nesla bílý kříž. Mnoho švýcarských vojáků sloužilo v císařské armádě i v jejich vlastních kantonech. Schwyz, jeden z původních tří konfederovaných kantonů, které tvořily jádro moderní Švýcarské konfederace, umístil v roce 1240 úzký bílý kříž do horního rohu jeho červené vlajky. Obecnější použití tohoto symbolu švýcarskými konfederacemi lze datovat zpět. do roku 1339 a bitva u Laupenu.
Během 19. století se kantony Švýcarska staly těsněji propojenými a po přijetí ústavy z roku 1848 byla pro armádu oficiálně uznána čtvercová červená vlajka s bílým křížem. Následovala státní vlajka na zemi, která byla právně zřízena 12. prosince 1889. Konečně nutnost jasně identifikovat švýcarské vlajky na řece Rýn a jinde během druhé světové války vedla k přijetí švýcarského občanského praporčíka (státní vlajka na moři) 9. dubna 1941. Od pozemní vlajky se liší pouze v pravoúhlých rozměrech.
